Институт экспертизы образовательных программ и государственно-конфессиональных отношений был учрежден в 2002 году с целью формирования системы духовно-нравственного воспитания в образовательном и культурном пространстве России. Ректор Института экспертизы – игумен Киприан (Ященко), к.п.н. Свою работу Институт экспертизы осуществляет при содействии Учебного комитета Русской Православной Церкви.
В начале XXI века возникли новые возможности для духовно-нравственного просвещения российской молодежи, успешная реализация которых была возможна только в результате системного подхода. В связи с этим руководством Института экспертизы было признано целесообразным сформировать Комплексную целевую программу «Духовно-нравственная культура подрастающего поколения России». Для решения этой задачи специалисты Института экспертизы имели существенные наработки в образовательной и культурологической областях. К этому времени был создан Совет высокопрофессиональных экспертов по вопросам семьи, детской и подростковой психологии, педагогики, целевой стратегии работы с молодежью и другим социально-культурным проблемам. В 2007 году Институт экспертизы получил благословение Святейшего Патриарха Алексия II на реализацию программы (письмо № 377 от 31.01.2007 г.) в качестве головной организации.
В рамках Комплексной целевой программы «Духовно-нравственная культура подрастающего поколения России» в 2005 году Институтом экспертизы начата разработка теории и методологии духовно-нравственной культуры как образовательного компонента и средства духовного воспитания и культурно-просветительной работы. Результатом этого стало включение в 2010 году в Федеральный государственный образовательный стандарт (ФГОС) новой научно-образовательной области «Духовно-нравственная культура» и нового раздела «Духовно-нравственное воспитание». Другими проектами программы, осуществляемыми непосредственно Институтом экспертизы, являются:
- «Международный благотворительный кинофестиваль «Лучезарный Ангел» (в первой декаде ноября 2015 г. состоится ХII фестиваль«Доброго кино»);
- «Высшие богословские курсы при Московской православной духовной академии» (за прошедший период подготовлено около 7 тысяч специалистов в образовательной области «Православная культура»; специалисты Института в 2012–2013 гг. успешно реализовали Президентский грант по созданию электронной образовательной среды для распространения духовно-нравственного просвещения).
В указанных проектах партнерами Института экспертизы являются: Фонд социально-культурных инициатив, Евразийский открытый институт, Современная гуманитарная академия и другие российские и иностранные организации.